SEQUENCHER DNA序列分析軟件

北京天演融智軟件有限公司為您提供sequencher dna序列分析軟件。sequencher dna序列分析軟件是科學(xué)家們-的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)超過(guò)25年，sequencher提供了-的功能特征，成千上萬(wàn)的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以少的時(shí)間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗(yàn)的用戶會(huì)驚嘆于功能的-和控制。sequencher自帶各種專(zhuān)有算法，可以為sanger, next-gen sequencing (ngs)和rna-seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
sequencher 5.4.6新功能
為dna序列分析提供了全新的和增強(qiáng)的功能。
sanger
sequencher connections中運(yùn)行的 primer-blast發(fā)送引物序列到您的sequencher項(xiàng)目中。
在項(xiàng)目窗口中輕松使用一致性序列，作為ngs測(cè)序比對(duì)混合的參考序列。
新批量處理恢復(fù)結(jié)束命令。
在項(xiàng)目窗口中調(diào)整字體大小的功能。
ngs
gsnap和bwa-mem工作流更快。
構(gòu)建gsnap數(shù)據(jù)庫(kù)和bwa索引，這些索引可以被重新用于與整個(gè)基因組的對(duì)齊。
查看并保存用fastqc報(bào)告的ngs原始數(shù)據(jù)文件的分?jǐn)?shù)和元數(shù)據(jù)。
使用samtools在您的ngs校準(zhǔn)中標(biāo)記變量來(lái)生成不同的調(diào)用文件(vcf)。
rna-seq
隨著cuffquant和cuffnorm的添加，擴(kuò)展了cufflinks套件的功能。
cuffdiff和 cuffnorm特殊的conditions&replicates編輯器。
使用自定義排序和篩選選項(xiàng)來(lái)增強(qiáng)rna-seq可視化功能。
使用增強(qiáng)的外部數(shù)據(jù)瀏覽器輕松管理所有的dna-seq和rna-seq項(xiàng)目。
sanger序列
sequencher使傳統(tǒng)的序列裝配變得容易，同時(shí)又能讓您保持對(duì)序列的控制。精簡(jiǎn)數(shù)據(jù)差的序列。您甚至可以創(chuàng)建一個(gè)整潔的標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)，讓一切變得更簡(jiǎn)單。通過(guò)直觀的控制，您可以為數(shù)據(jù)選擇jia算法，包括匯編到參考中。如果您正在處理來(lái)自不同來(lái)源的多個(gè)示例，可以通過(guò)名稱(chēng)來(lái)對(duì)它們進(jìn)行自動(dòng)裝配。使用工具編輯數(shù)據(jù)-沒(méi)有如此簡(jiǎn)單過(guò)，幫助您定位和處理模棱兩可的問(wèn)題，還可以檢查雜合子并移動(dòng)您的數(shù)據(jù)。使用-值幫助修整數(shù)據(jù)、檢查和snp檢測(cè)，以提高數(shù)據(jù)結(jié)果的。
序列編輯
sequencher提供一個(gè)dna序列編輯工具，您需要-這個(gè)序列是juedui正確的。您可以在一個(gè)序列中查看一次您的色譜數(shù)據(jù)或在正向和反向方向查看多個(gè)對(duì)齊的色譜圖。

它可以快速、方便地滾動(dòng)對(duì)齊的數(shù)據(jù)，或者可以使用sequencher的選擇工具來(lái)-區(qū)域的差異或低。
序列整理
自動(dòng)dna測(cè)序儀偶爾會(huì)產(chǎn)生差的讀數(shù)，-是在測(cè)序引物位點(diǎn)附近和接近較長(zhǎng)的序列運(yùn)行的終點(diǎn)。來(lái)自dna庫(kù)的---序列通常包含向量序列、polya尾或其他不相關(guān)的序列。內(nèi)含子和引物序列經(jīng)常位于外顯子序列的兩側(cè)。除非通過(guò)裁剪刪除，否則這些操作將會(huì)扭曲您的序列組件和下游序列分析。
sequencher提供了一些簡(jiǎn)單但功能-的工具，這些工具可以幫助您修整低或不明確的數(shù)據(jù)。
trim ends從序列片段的末端刪除錯(cuò)誤的數(shù)據(jù)。
trim vector刪除序列特定的數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)損害了您的序列的末端。
trim to reference消除超出組件的參考序列的序列末端。

在執(zhí)行修剪之前，序列分析器顯示所建議修剪的圖形表示，這允許您進(jìn)一步細(xì)化您的標(biāo)準(zhǔn)。

如果您想還原修剪序列的兩端或一端的基數(shù)，由于您的修剪過(guò)于嚴(yán)格，或您想提高覆蓋率，b---h revert trim ends可以讓您做到這一點(diǎn)。只要---幾下，您就可以將儲(chǔ)存的數(shù)據(jù)還原為幾個(gè)或幾千個(gè)序列，并且對(duì)您的序列進(jìn)行-的控制。
序列組裝
sequencher直觀的控制允許您設(shè)置您的序列參數(shù)，并在幾秒內(nèi)調(diào)整這些參數(shù)，還支持用戶快速準(zhǔn)確地組裝自定義的dna。sequencher會(huì)自動(dòng)比較正向和反向補(bǔ)正的方向，以組裝zuijia可能的重疊群，所以您可以根據(jù)方向排列dna序列。

sequencher通用裝配工具應(yīng)用如下
基因變異與參考序列的比較
確認(rèn)向量構(gòu)造
組裝---和---基因組
從cdna庫(kù)中集群數(shù)萬(wàn)個(gè)序列
將cdna組合成基因組序列
創(chuàng)建引物圖

組裝參考
參考序列功能-，它是測(cè)序和序列分析等的-功能。無(wú)論您是從事---學(xué)、系統(tǒng)研究、醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)或人口研究，您都可能使用到參考序列功能。在genbank格式中導(dǎo)入一個(gè)序列，將其特性表應(yīng)用到序列中，并將其標(biāo)記為一個(gè)引用序列。組裝到參考序列意味著您可以將您的閱讀和原型參考序列進(jìn)行比較。如果您使用來(lái)自不同來(lái)源的多個(gè)示例，您甚至還可以按名稱(chēng)裝配來(lái)自動(dòng)化您的工作。

您甚至可以使用參考序列來(lái)指導(dǎo)去除您感興趣區(qū)域之外的序列或者填補(bǔ)序列覆蓋的空白。
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