PRIMER PREMIER PCR引物設(shè)計(jì)軟件

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標(biāo)準(zhǔn)pcr分析的引物設(shè)計(jì)
primer premier是設(shè)計(jì)和分析pcr引物的zui全面的軟件。primer premier通過(guò)利用zui接近的熱力學(xué)算法和zui---的熔化溫度，找到zui優(yōu)的pcr、多重和snp基因分型引物。引物被篩選的二級(jí)結(jié)構(gòu)、二聚體、發(fā)夾、同源性和物理性質(zhì)，然后報(bào)告zui佳的序列，按順序排列。配備了一個(gè)方便的計(jì)算器，您可以很容易地操作序列并分析您的引物設(shè)計(jì)的結(jié)果。從ncbi加載感興趣的基因，選擇一個(gè)搜索范圍，讓primer premier為您挑選zui好的引物。

snp基因型分析的引物設(shè)計(jì)
使用primer premier，您可以從dbsnp加載序列，并將所設(shè)計(jì)的引物并置在snp選定的兩側(cè)。數(shù)百個(gè)未發(fā)表的snps也可以通過(guò)在標(biāo)準(zhǔn)genbank/ dbsnp文件中zhi定它們作為變體特性來(lái)加載。在zhi定snps之后，引物設(shè)計(jì)可以增強(qiáng)他們使用probe-based化學(xué)檢測(cè)。
多重檢測(cè)
對(duì)于多重實(shí)驗(yàn)，primer premier可以讓您在批處理模式下啟動(dòng)引物搜索，然后檢查設(shè)計(jì)的引物的交叉反應(yīng)性，從而減少錯(cuò)誤啟動(dòng)。

自動(dòng)同源性和避免模板結(jié)構(gòu)
primer premier自動(dòng)解釋blast搜索結(jié)果，并避免那些區(qū)域設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)庫(kù)具有---交叉同源性的引物。這些同源區(qū)域在序列視圖中被---顯示，并且在引物搜索期間被避免了。由于在擴(kuò)展溫度下存在模板結(jié)構(gòu)，可能會(huì)阻礙引物的擴(kuò)展。為了避免所有這些區(qū)域的模板自動(dòng)折疊，在您zhi定的折疊溫度下，程序使用專(zhuān)有算法來(lái)檢查模板內(nèi)可能的二級(jí)結(jié)構(gòu)。在序列視圖中，二級(jí)結(jié)構(gòu)形成的區(qū)域下面用橫線強(qiáng)調(diào)，并在設(shè)計(jì)引物時(shí)被避免。避免同源區(qū)域使得寡聚物高度特---，避免模板結(jié)構(gòu)提高設(shè)計(jì)引物的效率。
手動(dòng)引物搜索
primer premier為用戶(hù)提供對(duì)引物設(shè)計(jì)的完全控制。使用手動(dòng)搜索選項(xiàng)，用戶(hù)可以選擇模板序列上的任何位置來(lái)設(shè)計(jì)感測(cè)或反義引物。primer premier會(huì)立即計(jì)算并顯示新引物的性能。然后在主窗口的序列視圖中顯示由用戶(hù)zui終選擇的引物。

編輯模板序列
模板序列是可編輯的，可以由用戶(hù)來(lái)更改�？梢允褂脴�(biāo)準(zhǔn)的剪切---粘貼來(lái)進(jìn)行修改。通過(guò)使用delete按鈕可以刪除不需要的序列區(qū)域。用戶(hù)可以---或注釋一個(gè)序列并保存它們以備將來(lái)參考。
功能特征
新改進(jìn)的搜索算法
自動(dòng)順序檢索
自動(dòng)同源和模板結(jié)構(gòu)避免
評(píng)估預(yù)先設(shè)計(jì)引物
手動(dòng)引物搜索
編輯模板序列
序列瀏覽
生成報(bào)告
本地/桌面搜索功能選項(xiàng)
計(jì)算器
數(shù)據(jù)/數(shù)據(jù)庫(kù)管理
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